Discussion :

[neogamaes]

Bonjour tout le monde,

Voici brièvement mon souci:
-J'ai une image en nuance de gris que je souhaite mettre en arrière plan.
-Je souhaite maintenant tracer par dessus tout un graphique de "contour"

Tout fonctionne parfaitement bien mise à part le fait que mes contours ont tous la même couleur (hors ils devraient varier selon l'isovaleur du contour).

Si je trace les contours sans l'image de fond ils sont bien en couleur...

J'ai donc penser à tracer d'abord mes contours et mettre ensuite mon arrière plan mais l'image se met alors au-dessus de mes contours.

Voici un exemple de mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        I=imread('image001b.tif');
        figure (1), subimage(I)
        hold on
        figure (1), contour(x,y,u,5)
        hold off

Merci de votre aide.

[tubaas]

voir par exemple cette discussion
il faut utiliser deux objets axes que tu peux superposer exactement, un comprenant l'image de fond et l'autre les contours, + la fonction UISTACK

[Jerome Briot]

=> [contour] Superposer des contours en couleur sur une image en niveaux de gris

[neogamaes]

Merci pour vos réponses mais ça n'a malheureusement pas encore porté ses fruits.

Aucun résultat valide avec les deux méthodes proposés, je vais vous donner un peu plus d'information sur mon code et peut-être vous saurez m'éclairer:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        A=unique(X);
        B=unique(Y);
        u_n=Z(:,3);
        Y_n=Z(:,2);
        x_n=Z(:,1);
        u_n=reshape(u_n,size(A,1),size(B,1)); %length(A)=112 length(B)=85
        y_n=reshape(y_n,size(A,1),size(B,1));
        x_n=reshape(x_n,size(A,1),size(B,1));
 
 
                I=imread('image001b.tif');
                figure(1), subimage(I)
                hold on
                figure (1), [C,h] = contour(x_n,y_n,u_n,5);
                hold off

Avec la méthode proposée par Dut j'ai un souci car il me dit "Index exceeds matrix dimensions" car il me retourne une valeur unique de h je crois.

Et pour la méthode de tubaas, les axes entre les deux images ne se conserve pas si j'utilise autre chose que "subimage"

Bref, je sais pas trop là..

[Jerome Briot]

Avec la méthode proposée par Dut j'ai un souci car il me dit "Index exceeds matrix dimensions" car il me retourne une valeur unique de h je crois

As-tu essayé avec l'option 'v6' dans l'appel à CONTOUR comme spécifié en commentaire du code ?

[neogamaes]

Merki.. bon j'arrive maintenant à avoir de la couleur sur mon image en noir et blanc. Cependant il reste un souci, sur mon image j'ai plusieurs zones distinctes d'isovaleurs, il faudrait donc qu'elles soient chacune entourées de la même couleur, or ce n'est pas le cas la couleur de mes contours changent tout le temps, je n'ai jamais la même...

une idée?

[neogamaes]

Le problème est qu'en fait la fonction:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[C,h] = contour('V6',x_n,y_n,u_n,1)

me donne un h=4 (même si j'ai mis 1 comme nombre de contour) car j'ai plusieurs zones de même niveau.

du coup quand je fais:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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map=hsv((length(h)));
        for n=1:length(map)
            set(h(n),'edgecolor',map(n,:))

j'ai donc un problème au niveau du hsv qui me crée 4 niveaux de couleur différent, comment faire pour dire que lorsque je met 1 dans la fonction contour il doit y avoir qu'une seule couleur et etc...

pour l'instant j'ai un map comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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map= 1 0 0
                  0.5 1 0
                  0 1 1
                  0.5 0 1

mais il me faudrait:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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map=1 0 0
                 1 0 0
                 1 0 0
                 1 0 0

fichier facile à créer mais si je met la valeur 5 dans contour, je peux me retrouver avec 5 niveaux à telle valeur, 8 pour celle-ci, 3 pour l'autre bref...
Je ne sais pas si vous me suivez mais je suis un peu bloqué..

[Jerome Briot]

Essaie ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Z = peaks(200);
 
figure
colormap(gray)
imagesc(Z);
axis off image
 
hold on
 
[C,h] = contour('v6',Z,15);
 
v = get(h,'UserData');
[uv,a,b] = unique([v{:}]);
 
c = hsv(numel(uv));
 
for n=1:numel(h)
   set(h(n),'edgecolor',c(b(n),:)) 
end

Sans l'argument 'v6', le code devient :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Z = peaks(200);

figure
colormap(gray)
imagesc(Z);
axis off image

hold on

[C,h] = contour(Z,15);
h = get(h,'children');

v = get(h,'UserData');
[uv,a,b] = unique([v{:}]);

c = hsv(numel(uv));

for n=1:numel(h)
   set(h(n),'edgecolor',c(b(n),:)) 
end

[neogamaes]

Que dire de plus!! Bravo!
Ca marche très bien, merci beaucoup.

Serait-ce trop demandé si je te pose la question: comment avoir une légende (genre colorbar) correspondant à chaque contour (et non à l'image) ? (je ne souhaite pas faire clabel, je préfèrerai une légende à coté de ma figure).

[Jerome Briot]

comment avoir une légende (genre colorbar) correspondant à chaque contour (et non à l'image) ?

Il suffit d'ajouter la ligne suivante à la fin du code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

legend(h(a),num2str(uv(:),'%.3f'),'location','eastoutside')

[neogamaes]

Merci beaucoup!

Quelque chose qui m'aurait pris quelques heures j'en suis sûr est enfin fini.
Encore merci pour tout, bonne continuation.