Discussion :

[Sooners]

Salut a tous,

J'ai un soucis avec mon programme Perl :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
open(TOTL,"Total.txt")||die "Probleme dans l'ouverture du fichier total";
open(ACCE,">AccGene.txt")||die "Probleme dans l'ecriture du fichier accession";
open(SSH,">TotalNimbleGenes.xls")||die "Probleme dans l'ecriture du spreadsheet";
print SSH "IDGene	SeqGene	IDSonde1	SeqSonde1	IDSonde2	SeqSonde2	IDSonde3	SeqSonde3\n";
my $clue=0;
my $chomp;
my $acc;
while(<TOTL>){
	if($clue==1 && /^>/){
		print SSH "$chomp	";
		$clue=0;
		$chomp="";
		sonde();
	}
	if($clue==1){
		$chomp.=$_;
		chomp $chomp;
	}	
	if(/Ug.(Ta#)([A-Z]{1}[0-9]{8})/){
		$acc=$1.$2;
		$ref=$2;
		print ACCE "$acc\n";
		print SSH "$acc	";
		print "$2\n";
		$clue=1;
	}
}		
 
sub sonde{
	my $ind=0;
	my $ligne;
	open(SONL,"SondeNimbleGen.txt")||die "Probleme dans l'ouverture du fichier sonde";
	while(<SONL>){
		if($ind==1){
			$ligne=$_;
			chomp $ligne;
			print SSH "$ligne	";
			$ind=0;
		}
		if(/^>(.*$ref.*)$/){
			print SSH "$1	";
			$ind=1;
		}
	}
	close(SONL);
	print SSH "\n";
}

Il est sensé me récupérer les numéros d'accession dans un fichier fasta (exemple : >ligne de commentaire\n séquence) et de les traiter (peu d'importance j'ai eu l'occasion de tout testé et ça fonctionne).
Or mon programme saute une séquence sur deux.
Par exemple si le fichier est tel que:
>seq1
AGCT
>seq2
GCAT
>seq3
TTTT
alors le programme ne traite que seq1 et seq 3 ....
Le problème se situe dans la fonction (sonde) et plus particulièrement sur le while (dès que je met en commentaire mon programme me récupère toute les séquences).
Quelqu'un aurait-il une explication ?
Merci d'avance ^^

[Philou67430]

Ta problématique est similaire à ce fil : http://www.developpez.net/forums/d88...fichier-texte/

[Sooners]

Merci a toi Philou En fait la ligne n'étant pas réévaluée j'ai trouvée une solution simple en m'inspirant de ton boulot :
Ajouter dans la boucle pour enregistrer la ligne : $youpi=$_;
Et lors de la deuxième évaluation de la ligne au lieu de créer une expression régulière telle que if(/blablabla/){, je l'ai faite sous forme : if($youpi=~/blablabla/){.
A+

[Philou67430]

Humm... pas sur d'avoir bien compris... mais je trouve ta solution "alambiquée"... tu es sur de ne perdre aucune séquence ?

[Sooners]

Sur et certain de ne rien perdre je les ai compté.

Apparament le passage dans ma fonction me faisait perdre la ligne en cours de traitement (pourquoi ? ........)

Bref vive l'alambiquage

Voila la gueule du programme modifié

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
open(TOTL,"Total.txt")||die "Probleme dans l'ouverture du fichier total";
open(ACCE,">AccGene.txt")||die "Probleme dans l'ecriture du fichier accession";
open(SSH,">TotalNimbleGenes.xls")||die "Probleme dans l'ecriture du spreadsheet";
print SSH "IDGene	SeqGene	IDSonde1	SeqSonde1	IDSonde2	SeqSonde2	IDSonde3	SeqSonde3\n";
my $clue=0;
my $chomp;
my $acc;
my $youpi;
while(<TOTL>){
	$youpi=$_;
	if($clue==1 && /^>/){
		print SSH "$chomp	";
		$clue=0;
		$chomp="";
		sonde();
	}
	if($clue==1){
		$chomp.=$_;
		chomp $chomp;
	}	
	if($youpi=~/UG.(Ta#)([A-Z]{1}[0-9]{8})/){
		$acc=$1.$2;
		$ref=$2;
		print ACCE "$acc\n";
		print SSH "$acc	";
		print "$2\n";
		$clue=1;
	}
}
sub sonde{
	my $ind=0;
	my $ligne;
	open(SONL,"SondeNimbleGen.txt")||die "Probleme dans l'ouverture du fichier sonde";
	while(<SONL>){
		if($ind==1){
			$ligne=$_;
			chomp $ligne;
			print SSH "$ligne	";
			$ind=0;
		}
		if(/^>(.*$ref.*)$/){
			print SSH "$1	";
			$ind=1;
		}
	}
	print SSH "\n";
        close(SONL);
}