Discussion :

[phoenix420]

Bonjour.

Je n'ai pas réussi à trouver de solution à mon problème dans le forum, mon problème est le suivant :

J'utilise des fichiers plats (.txt). Les données ont ce format, répété plusieurs fois car c'est un fichier décrivant plusieurs ID :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
ID	cel-let-7         standard; RNA; CEL; 99 BP.			
XX				
AC	MI0000001;			
XX				
DE	Caenorhabditis elegans let-7 stem-loop			
XX				
RN	[1]			
RX	PUBMED; 11679671.			
RA	Lau NC, Lim LP, Weinstein EG, Bartel DP;			
RT	"An abundant class of tiny RNAs with probabl	e r	eg	ulatory roles in
RT	Caenorhabditis elegans";			
RL	Science. 294:858-862(2001).			
XX				
RN	[2]			
RX	PUBMED; 12672692.			
RA	Lim LP, Lau NC, Weinstein EG, Abdelhakim A,	Yek	ta	S, Rhoades MW, Burge CB,
RA	Bartel DP;			
RT	"The microRNAs of Caenorhabditis elegans";			
RL	Genes Dev. 17:991-1008(2003).			
XX				
RN	[3]			
RX	PUBMED; 12747828.			
RA	Ambros V, Lee RC, Lavanway A, Williams PT, J	ewe	ll	D;
RT	"MicroRNAs and other tiny endogenous RNAs in	C.	e	legans";
RL	Curr Biol. 13:807-818(2003).			
XX				
RN	[4]			
RX	PUBMED; 12769849.			
RA	Grad Y, Aach J, Hayes GD, Reinhart BJ, Churc	h G	M,	Ruvkun G, Kim J;
RT	"Computational and experimental identificati	on	of	C. elegans microRNAs";
RL	Mol Cell. 11:1253-1263(2003).			
XX				
RN	[5]			
RX	PUBMED; 17174894.			
RA	Ruby JG, Jan C, Player C, Axtell MJ, Lee W,	Nus	ba	um C, Ge H, Bartel DP;
RT	"Large-scale sequencing reveals 21U-RNAs and	ad	di	tional microRNAs and
RT	endogenous siRNAs in C. elegans";			
RL	Cell. 127:1193-1207(2006).			
XX				
RN	[6]			
RX	PUBMED; 19460142.			
RA	Kato M, de Lencastre A, Pincus Z, Slack FJ;			
RT	"Dynamic expression of small non-coding RNAs	, i	nc	luding novel microRNAs
RT	and piRNAs/21U-RNAs, during Caenorhabditis e	leg	an	s development";
RL	Genome Biol. 10:R54(2009).			
XX				
RN	[7]			
RX	PUBMED; 20062054.			
RA	Zisoulis DG, Lovci MT, Wilbert ML, Hutt KR,	Lia	ng	TY, Pasquinelli AE, Yeo
RA	GW;			
RT	"Comprehensive discovery of endogenous Argon	aut	e	binding sites in
RT	Caenorhabditis elegans";			
RL	Nat Struct Mol Biol. 17:173-179(2010).			
XX				
DR	RFAM; RF00027; let-7.			
DR	WORMBASE; C05G5/12462-12364; .			
XX				
CC	let-7 is found on chromosome X in Caenorhabd	iti	s	elegans [1] and pairs to
CC	sites within the 3' untranslated region (UTR	) o	f	target mRNAs, specifying
CC	the translational repression of these mRNAs	and	t	riggering the transition
CC	to late-larval and adult stages [2].			
XX				
FH	Key             Location/Qualifiers			
FH				
FT	miRNA           17..38			
FT	/accession="MIMAT0000001"			
FT	/product="cel-let-7"			
FT	/evidence=experimental			
FT	/experiment="cloned [1-3,5],	No	rt	hern [1], PCR [4], Solexa
FT	[6], CLIPseq [7]"			
FT	miRNA           56..80			
FT	/accession="MIMAT0015091"			
FT	/product="cel-let-7*"			
FT	/evidence=experimental			
FT	/experiment="CLIPseq [7]"			
XX				
SQ	Sequence 99 BP; 26 A; 19 C; 24 G; 0 T; 30 ot	her	;	
	uacacugugg auccggugag guaguagguu guauaguuug	gaa	ua	uuacc accggugaac        60
	uaugcaauuu ucuaccuuac cggagacaga acucuucga			99
//

L'utilisateur de mon programme cherche les infos concernant un ID en particulier. J'effectue donc une comparaison grâce à la commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
while (ligne!=null)
{
   if ((ligne.regionMatches(0, "ID", 0, 2)==true) && (ligne.regionMatches(5, recherche, 0, longrecherche)==true))
   {
 
   }
}

Jusque là tout va bien.
Par contre j'aimerais, après avoir trouvé l'ID d'intérêt, récupérer les données situées un peu après, par exemple celle située sur la ligne commençant par "AC" (2ème ligne) et celle sur la ligne "SQ" (la dernière).

Mon problème est le suivant :
Comment récupérer les contenus de ces lignes, alors que je fouille dans mon fichier ligne après ligne ? Comment dire par exemple "3 lignes après la ligne sur laquelle j'ai trouvé la correspondance avec la recherche de l'utilisateur" ?
Dois-je utiliser un compteur qui serait incrémenté à chaque passage à une autre ligne (si oui comment ?) ?

J'espère avoir été assez compréhensible ... Si ce n'est pas le cas n'hésitez pas à demander des précisions.
Merci beaucoup !!!

M.

[fraco]

coller les lignes du txt dans un ArrayList (par exemple) ?
après tu navigues facilement dedans...

[phoenix420]

Oui j'avais pensé à utiliser soit un tableau soit une ArrayList en effet.

J'avais un peu peur que cela n'ajoute pas les lignes dans l'ArrayList avec par exemple comme commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
while (ligne=!null)
{
MonArrayList.add(ligne);
}

Je vais essayer.

Pour récupérer une ligne en particulier ce serait avec la commande get() alors à ce moment là.

Merci beaucoup !
Bonne journée.

[phoenix420]

Solution trouvée, elle est dans mon autre post que vous trouverez en cliquant ICI.

Merci !