Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Bio::Tools::Run::Phrap;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
 
 
 
my $s1 = 'AGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCT';
my $s2 = 'AGGGAAGAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGC';
 
my $seq1 = Bio::Seq->new(-id => 'E1', -seq => $s1);
my $seq2 = Bio::Seq->new(-id => 'E2', -seq => $s2);
 
my @seq = ($seq1, $seq2);
 
my $prun =Bio::Tools::Run::Phrap->new(arguments=>'-penalty -3 -minmatch 10');
my $assembly = $prun->run(\@seq);

J'obtiens l'erreur :

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm line 238.
Le processus ne peut pas acc‚der au fichier car ce fichier est utilis‚ par un autre processus.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: Phrap call ( -penalty -3 -minmatch 10 D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\QQYbSW36IS 1> D:\DOCUME~1\Minguet\LOCALS~1\Temp\gXwmoYvqrV\l9uWa0CM1d 2> /dev/null) crashed: 256

STACK Bio::Tools::Run::Phrap::_run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm:241
STACK Bio::Tools::Run::Phrap::run C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Phrap.pm:202
STACK toplevel test.pl:22

--------------------------------------

Lien vers le CPAN Bio::Tools::Run::Phrap - a wrapper for running Phrap

Avez-vous une solution? Merci.

[Jasmine80]

Si je place mes séquences dans des fichiers, je n'ai plus d'erreur pour la ligne $prun->run(\@seq) mais ça coince plus loin ... alors que ce script vient du CPAN.

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use Bio::Tools::Run::Phrap;
use Bio::SeqIO;
 
 
my $seq1 = Bio::SeqIO->new(-file => 'P:/Theorie/ELODIE/Blast_RDC/sequences/E01.txt', -format => 'fasta');
my $seq2 = Bio::SeqIO->new(-file => 'P:/Theorie/ELODIE/Blast_RDC/sequences/E02_revcom.txt', -format => 'fasta');
 
my @seq = ($seq1, $seq2);
 
 
my $prun =Bio::Tools::Run::Phrap->new(arguments=>'-penalty -3 -minmatch 10');
my $assembly = $prun->run(\@seq);
 
foreach my $contig ($assembly->all_contigs){
 
	my $collection = $contig->get_features_collection;
 
	foreach my $sf($collection->get_all_features){
		print $sf->primary_id."\t".$sf->start."\t".$sf->end."\n";
	}
}

Can't call method "all_contigs" without a package or object reference at Run_Phrap_BioSeqIO.pl line 19.

Peut-être dois-je installer l'exécutable Phrap? Mais j'aurais une autre erreur dans ce cas. Avez-vous déjà utilisé ce module? Merci.