Discussion :

[mycaweb]

bonjour,
je suis utilisateur de logiciels plus qu'informaticien dans le cadre de mes travaux de recherche en bio. Depuis quelques temps, je recompile les logiciels que j'utilisais sous windows pour les utiliser sous linux, et ils marchent très bien indépendamment.
J'aimerai créer un "pipe" entre 2 de ces logiciels pour faire gagner un temps d'écriture/lecture énorme, j'explique.

Le logiciel A va créer un fichier "output" lorsque je l'éxécute comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

./logicielA argument1 argument2 argument3 >output

Cet output est une bête succession de blocs d'ADN simulés.

Le logiciel B va lire l'output pour effectuer des calculs sur les blocs, et s'exécute comme ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

./logicielB

Sous windows, je laissais logicielA générer un output de 4giga octets, puis lancais après coup le logicielB qui lisait l'output bloc par bloc pour faire des calculs (une ligne de calcul par bloc). Le calcul de statistiques sur l'output de A est un processus vraiment très long, non pas à cause du calcul (il fait des opérations assez connes) mais à cause de la lecture du fichier.
Du coup, on m'a dit que mkfifo permettait d'empécher cette étape d'écriture, mais je ne vois pas comment concrêtement malgré des petits exemples sur lesquels je m'exerce....

Du coup je suis preneur de la première indication sur ce forum
merci !

[N_BaH]

Bonjour,

un simple pipe ne suffirait pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

./logicielA argument1 argument2 argument3 | ./logicielB

?

[frp31]

quand un pipe simple n'est pas utilisable tu peux utiliser un fifo effectivement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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mknod fifo p
commande2  < fifo & 
commande1 > fifo && rm fifo

Une procédure d'exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#la machine A dispose du lecteur qui va bien
#Machine B est la cible
#sur la machine A:
mknod /tmp/tar p
# créer un fichier de type PIPE
cat /tmp/tar | rsh machineB "(cd /repertoire/destination ; tar -xf -)" & 
# lire le PIPE, puis via SSH ou rsh envoyé le contenu cers machine B
# ce flux est lu par la commande 'tar -xf -' ce en tache de fond car :
tcopy /dev/rmt1h /tmp/tar
# il faut copier l'archive sur le PIPE pour que le flux soit lu par la 
# précédente commande
et aller boire un café.

[mycaweb]

Bonjour,

un simple pipe ne suffirait pas :

le pipe par " | " semble compromis dans le sens où il faudrait changer le code des programmes, chose que je préfère éviter étant donné que ce n'est pas ma spécialité.



Je vais essayer ces commandes avec fifo alors. Tu dis qu'il faut lancer d abord le logicielB puis le logicielA, mais le logicielB ne risque t'il pas de planter en voyant qu'il n'a aucun input à lire ?