Discussion :

[croset]

Bonjour,

Je débute avec R et je suis confrontée à un problème que j'imagine classique même si je n'ai rien trouvé comme aide sur les forums & docs..

J'ai un tableau constitué d'individus en ligne et de variables & facteur en colonne. Je veux faire une succession de Khi2 entre chaque variable et le facteur. J'utilise pour cela :
> chisq.test(Exemple[,3],Exemple$Facteur)
où 3 est le numéro de ma variable-colonne et Exemple$Facteur le nom du facteur.

Ca marche très bien. Le souci est que j'aimerai faire cela pour toutes les variables-colonnes (env. 40).
J'ai donc essayé de faire la boucle suivante :
> for (i in 2:40) {chisq.test(Exemple[,i],Exemple$Facteur)}

Et ca ne marche pas.
Si quelqu'un peut m'aider, d'avance merci !

[dickoa]

Il doit surement exister des solutions plus élégantes mais je te propose ceci :

Code :

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sapply(Exemple[,2:40],function(x) chisq.test(Exemple$Facteur,x)$statistic)

Je présume que tu veut juste avoir la statistique du KHI-2 et pas les autres parametres
sinon ton code fonctionne aussi :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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m <- numeric(39) # pour stocker les khi2
for (i in 2:40) {
  m[i-1] <- chisq.test(tab$Produit,tab[,i])$statistic
}
m

J'avais pas de jeu de donnée mais je pense que ca devrait marcher...

[croset]

Merci pour ta réponse.
Ca marche très bien !
J'avoue ne pas très bien comprendre les structures des 2 solutions que tu proposes (qui fonctionnent toutes les 2). Si tu peux me répondre sur les points suivants, je suis preneuse d'infos :

- Dans la fonction "sapply", que représente fonction(x) ?
- "$Statistics" a l'air de préciser ce que l'on veut dans l'ensemble des résultats du test. Si on l'enlève, on récupère toutes les infos. Mais que doit-on ajouter pour ne récupérer que la p-valeur ?
- Dans la boucle que je proposais, qu'est-ce qui ne fonctionnait pas ? Faut-il toujours renvoyer un vecteur ? (je comprends la structure que tu proposes mais je ne comprends pas pourquoi la mienne ne fonctionne pas)

Encore merci pour tes solutions !

[dickoa]

Pour sapply, elle est fait parti d'un famille de fonction qui sont une alternative aux boucles dans R qui sont souvent lent (pas toujours) est donc il es conseiller de 'vectoriser' les opérations. Pour sapply

Code :

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?sapply

Elle prend un objet (matrice, dataframe, liste) et une fonction, quelle applique à chaque element de l'objet (ici colonne). Donc c'est pour ca que j'ai rajouter la notation function(x) .........
Mais j'aurais pu

Code :

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chisq.pvalue <- function(x) {
         chisq.test(Exemple$Facteur,x)$p.value
}
sapply(Exemple[,2:40],chisq.pvalue)

Y'a en plein d'autres apply, tapply, lapply, mapply

Pour la p valeur je pense que t'a du comprendre il suffit de remplacer juste $statistic par $p.value. Pour en être sur il faut faire

Code :

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# par exemple
str(chisq.test(Exemple$Facteur,Exemple[,3]))
# ou 
names(chisq.test(Exemple$Facteur,Exemple[,3]))

ce qui te permet de connaitre la structure et ainsi d'avoir ce que tu veux.

Par rapport à ton code, je pense que le but de ce code est d'afficher les resultats classiques d'un test de chi2 avec toute les sorties (p-value,statistique, signification....). Ben tu rajoute un "print" et c'est bon

Code :

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for (i in 2:40) {
print(chisq.test(Exemple[,i],Exemple$Facteur))
}

Mais ca va faire beaucoup de sortis, je pense qu'il est préférable de stocker les résultats voulus pour les utiliser ultérieurement. Et la raison pour le print est que sous R en général, quand t'es en mode interactif, quand tu fait
chisq.test(Exemple[,i],Exemple$Facteur) , ca appelle print(chisq.test(Exemple[,i],Exemple$Facteur))
Bon j'espere que ces détails pourront t'aider !!

[croset]

C'est parfait. Merci beaucoup pour toutes ces explications claires.