Salut,
je vais peut-être te dire un truc que tu sais déjà mais voilà :
quand tu envoies du JavaScript, Php s’en fout royalement ! Il ne voit qu’une chaîne de caractères, ça pourrait contenir du JavaScript, du chinois ou du martien, il ne ferait pas la différence. JavaScript est analysé par la navigateur, à l’autre bout de la tuyauterie Internet.
Pour ton premier problème, la fonction window.open est plutôt destinée à gérer des popups, à ce que je sais. Je te conseille d’utiliser window.location.href :
print("window.location.href = 'Webviewer/webviewer.php?action=serie&code=' + CodeSerie + '&type=5&sop=foo&efi=foo&mode=LIGHT'");
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