Discussion :

[yonathan]

Bonjour à tous
C'est mon premier message sur ce forum. Donc je vais me présenter rapidement: je m'appelle Yonathan, je suis thésard en biologie moléculaire, et je débute en programmation.

Je m'adresse à vous car j'ai besoin d'un coup de main pour écrire un script perl.
Comme indiqué ci-dessus, je débute. J'ai le camel-book à coté de moi, mais je dois avouer que je m'y perd un peu.

Voici mon problème.
Je dispose d'un fichier texte contenant ceci:

>moi_toto_grand_et_beau
ATGCTAGTCGATGCTGATCGTA
ATGGTAGTGCGCCGATGCGTCA
TGAGTCC

>moi_john_petit_et_moche
ATGCTGTAGTCGTACTTGAT
TGACTAGCCATCACTACGTC
TGCATACGGATGT

Je ne marque que 2 "séquences", mais il y en a plusieurs milliers.

J'essaye de faire un script qui soit capable de compter le nombre de caractères compris entre la fin de la 1ere ligne et la fin de la séquence, et d'ajouter cette valeur à la premiere ligne (sous la forme length=X)

Pour plus de clarté, le fichier final ressemblerait à ca:

>moi_toto_grand_et_beau length=51
ATGCTAGTCGATGCTGATCGTA
ATGGTAGTGCGCCGATGCGTCA
TGAGTCC

>moi_john_petit_et_moche length=53
ATGCTGTAGTCGTACTTGAT
TGACTAGCCATCACTACGTC
TGCATACGGATGT

J'ai compris qu'il existe une fonction "LENGTH" dans perl, pour mesurer une chaine de caractère, mais je ne comprend pas comment dire au script de ne compter qu'entre mes 2 balises

J'espère que l'un de vous pourra m'aider

Merci d'avance pour vos réponses

[Philou67430]

L'algorithme classique que je donne est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
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15
16
17
18
19
20
21
use List::Util qw(sum);
 
@seq = ();
while (<>) {
  chomp;
 # fin d'une séquence la précédente
  if (/^>/ && @seq) {
    # Mettre à jour la balise avec la taille de la séquence
    print_seq(@seq);
    @seq = ();
  }
  push @seq, $_;
}
print_seq(@seq) if @seq;
 
sub print_seq {
  my @seq = @_;
 
  $seq[0] .= "=".sum(map length, @seq[1..$#seq]);
  print map "$_\n", @seq;
}

Par contre, ta première séquence fait 51 nucléotides, pas 49.

[yonathan]

Un énorme merci à toi Philou67430

Ton script marche vraiment du tonnerre! J'ai juste fait une modif pour qu'il rajoute "length=Xx" au lieu de "=Xx", et pour sauvegarder le résultat du script dans un fichier.

Je reste béat d'admiration envers les gens capables de coder comme tu le fais (j'ai beau savoir que ca s'apprend, ca me bluffe a chaque fois).

Merci mille fois!

PS: en effet il y a 51 nucléotides, c'est corrigé

[Philou67430]

En même temps, c'est mon métier... et je peux t'assurer que je suis bluffé par tous ces chercheurs qui manipulent les gênes comme toi