problème de lecture de fichier binaire [fortran/C]

**mOoler** · 29/10/2010, 20h31

Bonjour à vous,

Ca fait maintenant plusieurs semaines que je me confronte à ce problème et pour l'instant je n'ai pas encore réussi à le résoudre.

J'ai un fichier binaire qui est structuré de la façon suivante:

- entier
- tableau 2D de réel
- entier

J'ai un programme fortran

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        program test
 
        parameter (Imax=720,Jmax=361)
 
        real VarGFS(Imax,Jmax)
        character*64 FileIn
 
        FileIn='gfs.TMP.t00z.bin'
        open(10,file=FileIn,form='unformatted')
 
        read(10) IntBin
        read(10) VarGFS
        read(10) IntBin
 
        do i=1,10
        do j=1,10
        write(*,*) VarGFS(i,j)
        enddo
        enddo
        close(10)
 
        end

et un programme C

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#include <stdio.h>
 
typedef struct{
    int head;
    float val[720][361];
    int foot;
}VarGFS;
 
int main(){
    int i,j;
    VarGFS buffer;
    FILE* f = fopen("gfs.TMP.t00z.bin","rb");
    if(f){
        fread(&buffer,sizeof(VarGFS),1,f);
        for(i=0;i<10;i++){
            for(j=0;j<10;j++)
                printf("%f\n",buffer.val[i][j]);
        }
    }
}

Ils sont censés rendre le même résultat mais non.
Est-ce que vous avez une solution ? Ou quelque conseil qui pourrait m'aider ?

Merci d'avance

**ram-0000** · 30/10/2010, 11h43

En première lecture, la retranscription à l'air correcte (mais je ne connais pas le Fortran)

Peut être un problème de différence de taille entre le "real fortran" et le "float C" ou entre "IntBin fortran" (dont on ne voit pas la déclaration) et le "int C".

Peut être aussi un problème de padding avec ta "structure C VarGFS" (des octets rajoutés par le compilateur pour respecter des contraintes d'alignement mémoire.

Est ce que tu peut faire afficher en C et en Fortran la taille des tes variables : sizeof(VarGFS), sizeof(int) et sizeof(float) en C mais je ne connais pas l'équivalent en Fortran pour sizeof(VarGFS) et sizeof(IntBin) ?

Est ce que tu peux attacher le fichier "gfs.TMP.t00z.bin" (ou un petit bout s'il est trop gros) et donner les infos que tu attends dedans ?

**jeroman** · 30/10/2010, 12h53

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

fread(&buffer,sizeof(VarGFS),1,f);

Cette solution n'est pas portable : la fonction écrit tel quel dans la mémoire (dans le buffer) ce qui est contenu dans le fichier, byte par byte, sans tenir compte de la taille des types de chacun des membres de ta structure, ni de l'endianess ni de l'alignement des données ; ces trois choses peuvent varier selon les machines. Conséquence : sur telle machine tes données seront correctement copiées dans la structure et sur telle autre machine elles seront copiées "n'importe comment".

En outre, je te conseille d'allouer dynamiquement de la mémoire pour ton tableau à deux dimensions val. Il a une taille assez conséquente, la pile risque de ne pas trop apprécier.

Sinon, à part cela, je ne connais le Fortran que de nom. Je ne peux donc pas t'aider pour la résolution de ton problème.

**mOoler** · 30/10/2010, 15h33

Bonjour,

D'abord merci pour vos réponses.

Pour ce qui est des tailles, tous les types ont la même taille que se soit en fortran ou en C.
int / IntBin / float = 4
VarGFS = 1039680

Edit :

Après vérification VarGFS en C est de 1039688 et en Fortran 1039680
ce qui est logique vu qu'en C VarGFS contient 2 entiers. Mais ca ne change pas la taille du tableau de float

voici la premiere partie du fichier gfs.TMP.t00z.bin =>ici
le fichier original fait environ 60mo

et voici les 100 premiers résultats attendus

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Au départ j'ai un programme fortran (qui fonctionne) et on m'a demandé de le retranscrire en C. Ce n'est pas grave si vous ne connaissez pas le fortran car moi non plus =)

Je vais essayer d'allouer dynamiquement comme jeroman me le conseille mais je doute que ca soit une solution dans mon cas car ce n'est pas un tableau de 720*361 mais une centaine que je dois traiter.

En tout cas merci de m'aider.

**ram-0000** · 30/10/2010, 16h35

En regardant ton fichier en binaire, j'ai :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

@Ý<SI><NUL><NUL>€lC<NUL>€lC<NUL>€lC<NUL>€lC<NUL>€lC...

pendant très longtemps au début (au moins une centaine de valeurs).

Si on fait abstraction du problème de représentation des float entre C et fortran et du problème de boutisme des nombres, cela représente quand même toujours les mêmes valeurs. C'est ce qu'indique le programme chez moi (j'ai ajouté l'affichage de la valeur du header et du footer), il me donne :

Code :

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head=1039680
foot=1039680
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000
236.500000

**mOoler** · 30/10/2010, 16h51

Oui je pense que ton résultat est normal.

Pour info cela représente des températures en °K et je passe les détails mais les premières valeurs indique la température en antarctique donc si tu fais la conversion on est à -36°C, ca semble correct.

ce que tu trouves dans head et foot est le nombre de valeurs dans le tableau (720*361*sizeof(float)), ces valeurs ne me servent pas.

Ensuite je viens de voir que le fortran gérait les tableaux par lignes au contraire du C qui les gère en colone, c'est peut-etre là qu'est la différence.

**ram-0000** · 30/10/2010, 18h31

Si j'inverse ligne et colonne, cela donne ceci :

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head=1039680
foot=1039680
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.600006
237.300003
232.900009
238.000000
230.800003
239.199997
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.600006
237.400009
232.900009
238.000000
230.800003
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.600006
237.400009
232.900009
238.000000
230.800003
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.600006
237.400009
232.900009
238.000000
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.600006
237.400009
232.900009
238.000000
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.500000
237.400009
232.800003
238.100006
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.500000
237.500000
232.800003
238.100006
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.500000
237.500000
232.800003
238.100006
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.500000
237.500000
232.900009
238.100006
230.900009
239.300003
236.500000
236.500000
235.600006
236.900009
234.500000
237.500000
232.900009
238.100006
231.000000
239.400009

**mOoler** · 31/10/2010, 15h39

Bonjour,

C'est bon le problème est réglé !
C'était juste un histoire d'équation mal formulée.
Il n'y a aucun problème de typage, ni d'alignement, ...

Je vous remercie pour votre aide =)

problème de lecture de fichier binaire [fortran/C]

C

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