Discussion :

[forum]

Bonjour,

Je vous propose un nouvel élément à utiliser : BioEdit

BioEdit est un éditeur d'alignement des séquences biologiques écrites pour Windows. Une interface intuitive de documents multiples avec des fonctions pratiques rend l'alignement et la manipulation des séquences relativement facile sur votre ordinateur de bureau.



Qu'en pensez-vous ?

[Jasmine80]

Lors de mon ancien emploi, de 2006 à 2012, j'ai énormément utilisé et recommandé ce logiciel gratuit et très performant, j'y avais même converti certains collègues.
Voici la page d'accueil : http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html

Par contre, la dernière mise à jour date de novembre 2013, je pense que ce logiciel n'est maintenant plus maintenu et qu'il n'est pas compatible avec windows 8. Il n'existe également pas sous linux ou mac.

Je l'ai utilisé quasi quotidiennement, majoritairement pour des alignements, pour visualiser des fichiers fasta. Je l'utilisais parfois pour la lecture de fichiers de séquençage (d'ADN), pour des cartes de restrictions enzymatiques, pour dessiner des plasmides, pour des traductions.

C'est un programme très complet et vraiment surpenant pour une version gratuite. Reste à voir si il n'a pas trop vieilli

[vadim]

Eh oui, 2011 c'était il y a loooongtemps.
Je continue de chercher ailleurs.

Vadim

[vadim]

Eh oui, 2011 c'était il y a loooongtemps.
Je continue de chercher ailleurs.

Vadim

En ce qui concerne l'ADN, j'étais bio-informaticien de 1998 à 2002. Je me désolais de l'aspect "rugueux" de PERL pour un autodidacte en informatique comme moi.
Il y a maintenant des composants DELPHI,( le programme issu de Pascal où j'étais spécialisé) incluant presque les capacités de PERL :-)
Version d'évaluation, certes. Mais en tant que retraité, je ne m'ennuie pas!

A mon avis PERL semble plus obscur que difficile et il a encore un avenir.

Avis aux nostalgiques

Vadim