Arbre de newick

**gene69** · 25/07/2012, 12h50

Bonjour,

Je vous propose un nouvel élément à utiliser : Arbre de newick

Newick est le nom d'un format de fichier utilisé en biologie pour décrire les relations phylogénétiques entre diverses êtres vivants ou molécules biologiques telles que l'ADN. le code présenté est une classe qui parse une représentation textuelle (sauce moi-même) et généère un arbre à tableau. Avec une 2e passe sur l'arbre on peut reformater les arbres sur d'autres formats dont de l'xml simple.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Newick

http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format

Code php :

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// il y a un peu de code de DEMO au debut code:
 
$toto = '((((1:0.a1,2:a2)3:0.a3,((4:0.b1,5:0.b2)6:0.b3,(7:0.c1,8:0.c2)9:0.c3)10:0.bc3)11:0.abc3,(12:0.d1,13:0.d2):0.d3)14:0.abcd3,15:0.e2)';
 
//$toto ='(((((1:0.01,2:0.01):0.05,(5:0.02,19:0.02):0.04,alone:dist):0.05,(3:0.03,4:0.03):0.08):0.59,(7:0.13,20:0.13):0.57):0.14,6:0.84)tout:distance;';
 
$tree = new NewickParser($toto);
 
 
 
echo '';
 
print_r( $tmp = $tree->parse() );
 
print_r( $tree->formatFlat($tmp) );
 
print_r( $tree->formatLayered($tmp) );
 
print_r( $tree->formatRich($tmp));
 
file_put_contents(__FILE__.'.xml',$tree->formatXMLString($tmp));
 
print( $tree->formatNewick($tmp));
 
echo '';